Để nói lời chia tay với mẫu sport-touer FJR1300 tại quê nhà, Yamaha đã cho ra phiên bản kỷ niệm 20th Anniversary Edition. Mẫu xe này nổi bật với màu sơn đen kết hợp cùng các điểm nhấn màu vàng đồng.